هسته گزینش دانشگاه اراک بر اساس تبصره 2 ذیل ماده 20 مجلس شورای اسامی در مورد آیین نامه اجرایی قانون گزینش کشور، همانند دیگر دستگاه های دولتی، زیر نظر بالاترین مقام اجرایی دانشگاه که ریاست دانشگاه اراک می باشند، قرار دارد. بر اساس این قانون گزینش اعضای هیئت علمی و دانشجویان دانشگاه ها تابع مقررات ویژه ای است. هسته گزینش دانشگاه شامل سه بخش هیئت گزینش استاد، هسته گزینش کارمندان و دفتر تحقیق استان می باشد.  این مجموعه در حال حاضر با نظارت یک مدیریت واحد اداره می شود. شایان ذکر است که دفتر تحقیق استان نیز به صورت مستقیم زیر نظر دفتر مرکزی ستاد در وزارت متبوع فعالیت می نماید. فعالیت های این مجموعه را اقداماتی چون اظهارنظر پیرامون صلاحیت متقاضیان استخدام با رعایت موازین شرعی و ضوابط مصوب، تهیه سؤال های عقیدتی، سیاسی، اخلاقی، علمی و تخصصی که با مراجع ذیربط هماهنگ شده هستند و در امتحان کتبی استفاده می شوند، تصحیح اوراق امتحانات، تهیه فرم های مورد نیاز و انجام مصاحبه با افراد گزینش شده، بررسی و اعلام نظر هنگام صدور حکم قطعی کارکنان آزمایشی، بررسی و اظهار نظر در مورد آگهی استخدام قبل از انتشار، بررسی و اظهار نظر بدوی در مورد اعتراضات و شکایات واصله از نحوه گزینش و سایر مسائل مربوط به آن را تشکیل می­دهد.