هیئت امنا عالی ترین رکن دانشگاه اراک می باشد که بر اساس قانون تشکیل هیئت امنای دانشگاه ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی، مصوب جلسات یکصد و هشتاد و یکم، و یکصد و هشتاد و سوم شورای عالی انقاب فرهنگی، تشکیل شده است.

اهم وظایف و اختیارات هیئت امنا عبارتند از:

تصویب آیین نامه های داخلی، سازماندهی اداری و تشکیلاتی دانشگاه، تدوین مقررات استخدامی اعضای هیئت علمی، بررسی بودجه پیشنهادی، بودجه تفصیلی حسابها و ترازنامه سالانه دانشگاه، نحوه وصول درآمدهای اختصاصی و مصرف آن، تعیین و نحوه اداره واحدهای تولیدی، خدماتی، کارگاهی، بهداشتی و درمانی، میزان پرداخت حق التحقیق، حق التألیف و نظایر آن، پیشنهاد میزان فوق العاده های اعضای هیئت علمی و غیر هیئت علمی و بررسی گزارش دانشگاه که از طرف ریاست دانشگاه ارائه می گردد.

موضوعات پیشنهادی قبل از طرح در هیئت امنا، در کمیسیون دائمی مرکب از رئیس دانشگاه، یک تن از معاونان یا مشاوران وزارتعلوم تحقیقات و فناوری، یک تن از متخصصان و صاحب نظران، نماینده سازمان مدیریت و برنامه ریزی، و معاون اداری و مالی دانشگاه مورد بررسی کارشناسی و تخصصی قرار می گیرد.