اهداف پژوهشکده:

-توسعه و گسترش پژوهش‌های کاربردی

-ایجاد زمینه مناسب برای ارتقا فعالیت‌های پژوهشی

-همکاری پژوهشی با موسسات آموزشی و پژوهشی کشور

-بررسی و شناسایی نیازهای پژوهشی

-انجام طرح‌های پژوهشی کاربردی و توسعه‌ای

-فراهم آوردن امکانات لازم و متناسب با فعالیت‌های پژوهشی مربوط

-انجام خدمات مشاوره علمی و فنی در زمینه آب

-برگزاری همایش‌های ملی و بین‌المللی در زمینه آب

-همکاری در انجام پروژه‌های دانشجویی در راستای اهداف پژوهشکده

-انتشار نتایج تحقیقات بصورت مجله، کتاب و نظایر آن

-انجام فعالیت‌های ضروری به‌منظور بکارگیری نتایج پژوهش‌های انجام شده در سطح کشور